Eu tive problemas estranhos em que o microfone foi silenciado e tive que usar o pavucontrol para desativá-lo. Você pode instalar os utilitários pulseaudio adicionais:
sudo apt-get install paman padevchooser paprefs pavucontrol pavumeter
Verifique a guia de entrada no pavucontrol e verifique se não está silenciando o microfone. Você também pode jogar com a guia de configuração, caso esteja errado, mas observe primeiro a sua configuração inicial.
Lembre-se do que o arochester e o João estão dizendo, verifique se o pulseaudio está selecionado nas opções de áudio do skype.