Para evitar que vários arquivos sejam processados ao mesmo tempo (que podem usar muitos recursos), use parallel. Por padrão, ele realiza apenas um trabalho por vez. Se você deseja usar vários núcleos de CPU em paralelo, tente parallel -j 4 ...4 trabalhos em paralelo. Também confira man parallel.
sudo apt-get install parallel
Essa linha extrai aacarquivos de áudio dos vídeos selecionados e os coloca em m4acontêineres.
parallel avconv -i '{}' -map 0:1 -c:a copy '{.}.m4a' ::: %F
Ao trabalhar diretamente na CLI, substitua %Fpela lista de seus arquivos de entrada. Por exemplo *.mp4.
Inspirado por esta resposta, por uma resposta anterior a esta pergunta e pelo comentário de evilsoup a esta (dizendo: 'os arquivos raw aac não podem conter metadados; se você deseja manter os metadados dos arquivos originais, use m4a (que é apenas outro nome para mp4, mas é amplamente reconhecido por players de áudio) em vez de aac como uma extensão de arquivo ' ).
Eu uso esses comandos nas ações personalizadas Thunar,

limitando o aplicativo a vídeos que contêm aacáudio.

Para ter uma janela de terminal aberta durante o processamento, que fecha no final, o comando pode ser alterado como:
gnome-terminal -e "parallel avconv -i '{}' -map 0:1 -c:a copy '{.}.m4a' ::: %F"