Eu uso o Google Docs para criar fluxogramas. Não é de código aberto, mas é gratuito (como na cerveja) e cria gráficos atraentes. Aqui está um exemplo de um gráfico simples

Não é muito complexo, pois não 'conhece' os diferentes tipos de gráficos - ele é uma sandbox que você pode usar para criar o gráfico que precisar. Você tem uma grande variedade de formas que pode colocar na tela, com uma grande variedade de cores para preenchê-las, facilmente selecionáveis em um menu suspenso na barra de ferramentas. Também permite que você 'encaixe' suas formas em uma linha invisível que as alinhar uma à outra - basta colocar algumas formas na tela e começar a mover outra ao redor e ver o que quero dizer.
Você pode fazer o download das imagens finalizadas como arquivos PDF, SVG, PNG e JPG.
Você precisará de uma Conta do Google para usá-la, mas tem o bônus adicional de não ter que se preocupar em salvá-las periodicamente e não corre o risco de perdê-las, o que, se elas forem para o trabalho, será uma grande ajuda.
Pessoalmente, nunca gostei de Dia. Eu sempre tive que lutar com ele para fazer o que eu queria, e isso sempre me fez fazer as coisas de maneiras incrivelmente complicadas. O recurso 'desenho' no Google Docs parece 'certo'.