Eu gostaria de responder sobre uma das causas que podem levar a essa situação complexa.
Eu tinha um sistema GPT com o Ubuntu 14.04, sem Windows. Não consegui instalar o Windows sem limpar meu disco. Então, peguei o BACKUP necessário (sempre faça isso, independentemente da coisa mais simples que você esteja fazendo) e limpei o disco usando o Windows USB inicializável.
Agora, o problema é que, mesmo que isso converta automaticamente de GPT para MBR, de alguma forma, ele mantém assinaturas de GPT. Portanto, qualquer ferramenta para gerenciar o disco rígido (como o Gparted) fica confusa, pois funda o GPT e o MBR. Portanto, isso mostrará todo o espaço em disco não alocado, como se você NÃO tivesse o Windows. Porém, se você fizer o check-in da mídia, ele exibirá as unidades montáveis, e também todos os dados que sua unidade possui.
A solução para isso é: faça um USB inicializável com qualquer versão do Linux. Inicialize-o ao vivo e, assim que o Linux iniciar, abra o terminal e use o utilitário gdisk para remover todas as entradas ou assinaturas GPT corrompidas.