Como sempre, quando se trata de fazer backup de coisas, não confie totalmente nas respostas da rede (como esta ;-)) e teste você mesmo antes de manipular dados valiosos.
Dando uma olhada em http://packages.ubuntu.com/maverick/rsync (e, especificamente, em [rsync_3.0.7-2ubuntu1.dsc]), vemos que o mantenedor escreve
-- Paul Slootman <paul@debian.org> Mon, 20 Nov 2006 15:43:12 +0100
rsync (2.6.9-1) unstable; urgency=low
* New upstream release.
* (from experimental version 2.6.9~pre3-1)
Applied a mix of the patches from Martin Pitt and David Härdeman for
LSBfying init script.
closes:#375985,#385877
* Upstream now includes the patch for replacing a dir with a symlink when
using --delete-after.
closes:#350522
* Now includes the ACL patch.
Portanto, o próprio pacote suporta ACLs desde 2006.
Quanto à sua segunda pergunta: eu não sei sobre o tar, mas desde que você apenas sincronize seus arquivos em outro lugar, você não deverá ser afetado por possíveis problemas com o tar. O rsync não usa tar durante as transferências.