Esta é uma resposta mais geral junto com o apt config.
Como existem muitos lugares para definir configurações de proxy, pode ficar confuso no começo. Deixe-me resumir algumas coisas e sugerir algumas boas práticas.
Para programas de console
Ex: wget, git e quase todos os aplicativos de console que se conectam à Internet.
Se você deseja configurar o proxy sempre que executar seus comandos por algum motivo, defina as variáveis de ambiente usando os seguintes comandos.
export http_proxy=http://DOMAIN\USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT/
export ftp_proxy=http://DOMAIN\USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT/
Caso contrário, se você quiser usar as mesmas configurações todas as vezes para todos os usuários, use-as.
Configurar no bashrc
$ nano /etc/bash.bashrc
export http_proxy=http://DOMAIN\USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT/
export ftp_proxy=http://DOMAIN\USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT/
Configurar em /etc/environment
$ nano /etc/environment
https_proxy="http://myproxy.server.com:8080/"
ftp_proxy="http://myproxy.server.com:8080/" ...
Configurar usando GUI
Abra as configurações de rede e defina o proxy de rede em todo o sistema.
Rede -> Proxy de rede -> Configurar -> Aplicar todo o sistema.
Mas isso pode não ser útil se você tiver autenticação para o proxy.
Para apt.
Você precisa fazer um trabalho extra para o apt, pois aliás o apt não obedece às variáveis de ambiente,
$ nano /etc/apt/apt.conf
Acquire::http::Proxy "http://USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT";
Acquire::https::Proxy "https://USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT";
Para tudo fora deste escopo, deve haver uma opção para definir configurações de proxy no próprio aplicativo. Se não, me desculpe;)