Se você não deseja editar as faixas no seu contêiner, mas apenas carregar uma faixa de áudio externa que você possui, o VLC definitivamente possui esse recurso.
Veja como fazer isso:
Escolha seu arquivo de vídeo primeiro
— File: Add...
e adicione um arquivo de áudio adicional a ele
— Browse...
que abre confundindo a mesma janela (ela mesma). Aqui apenas
— File: Add...
para escolher seu arquivo de áudio e confirme
— Select
botão. Não pressione o botão Procurar na segunda janela!
Agora você deve ter os dois caminhos para seus arquivos de vídeo e áudio em uma janela (a primeira). Agora pressione
— Play
para reproduzir vídeo com faixa de áudio externa. Durante a reprodução, você pode escolher sua segunda faixa de áudio
Audio — Audio Track