Ubuntu GNOME 16.04 LTS com arquivos Gnome 3.14.3
Para deixar claro: eu não tenho a área de trabalho do Unity. Se você possui o Unity ou outra área de trabalho além do Gnome, esta resposta pode não ser útil para você. Segundo, eu fiz alguns mods para que meu painel possa parecer diferente e estar em um local diferente. No entanto, o conceito deve ser o mesmo se você estiver usando o Gnome .
Painel Gnome com o Gedit fechado
Esta imagem mostra que você não pode acessar o menu Preferências de arquivos quando os Arquivos estão fechados. Portanto, se você tem Arquivos encaixados no painel ou não, não importa. Você precisa abrir Arquivos para poder começar.
Menu superior dos arquivos
Este é o meu menu no aplicativo Arquivos. Note que eu não tenho nenhum menu como "Editar-> Preferências", como outros mostraram em outros lugares.
RightClickFilesIcon
Quando Arquivos está aberto, você pode clicar com o botão direito do mouse (fora) no ícone no painel para abrir "Preferências".
Janela Preferências de arquivos
Agora, quando vou para a guia "Visualizações", posso ver "Mostrar arquivos ocultos e de backup". Nesse ponto, minha resposta deve ser a mesma mostrada em outro lugar. É apenas uma questão de entender que nem todos têm a mesma versão de desktop ou Ubuntu.