Primeiro, você precisará garantir um ambiente de tempo de execução Java adequado em seu sistema. O Ubuntu possui o openjdk no repositório oficial, que é 99,99% combatível com o Oracle Java, para instalá-lo, digite:
sudo apt-get install openjdk-7-jre
Em seguida, crie um arquivo chamado java-jar-launcher.desktop
em ~/.local/share/applications
e colocar o seguinte conteúdo nele:
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=Java Application Launcher
Icon=java
Exec=/usr/bin/java -jar %U
Categories=Application;Java
Terminal=False
Em seguida, adicione a seguinte linha em ~/.local/share/applications/mimeapps.list
:
application/x-java-archive=java-jar-launcher.desktop;
Agora você deve ser capaz de clicar duas vezes nos arquivos jar para iniciá-los; se nada acontecer, clique com o botão direito do mouse em um arquivo jar, selecione propriedades e vá para a aba "Abrir com" e você verá "Java Application Launcher". .
Esse método é preferível (IMHO), pois dessa forma você não concede permissões de execução aos arquivos jar que podem ser potencialmente perigosos. Esse método funcionará apenas em um ambiente gráfico e precisa que o usuário dê um clique duplo no arquivo manualmente.