A resposta acima funciona para mim no 12.04LTS Unity 3D. Se não está funcionando para você, você está usando o Unity 2D? Nesse caso, talvez você não consiga alterar as configurações com o CCSM.
De qualquer forma, veja aqui várias correções alternativas (a pergunta é para a 11.10, mas muitas delas ainda funcionam na 12.04):
Como desativo as combinações de teclas F1 e F10 no terminal gnome?
Se o CCSM não estiver funcionando para você, você pode tentar a correção do gconf-editor (ou alternativamente o dconf)
Comentário: É muito ruim que essa combinação de teclas específica não possa ser alterada simplesmente através da interface de configurações do sistema, como a maioria das outras pessoas. Não ouvi dizer que isso foi alterado em 12h10, mas espero que seja no futuro. Muitos programas usam a combinação de teclas Alt para o sistema operacional para dificultar a alteração. (E eu tenho certeza que o Emacs mapeou esse espaço de teclado primeiro, o Ubuntu.)