Quando você faz uma atualização do sistema com o gerenciador de atualizações, a atualização do Virtualbox deve aparecer.
Você também pode obter o mesmo efeito através do terminal:
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
Isso deve lhe proporcionar a versão mais recente do Virtualbox. Isso, no entanto, não lhe dará o Virtualbox Extension Pack atualizado. O pacote será atualizado somente quando você abrir o Virtualbox. Você receberá imediatamente uma notificação de que há uma atualização para o virtualbox ou de um pacote de extensão. Observe que o pacote de extensão é necessário se você deseja suporte adequado para compartilhamento entre host e convidado, suporte 3D, suporte USB e muito mais.
Agora, no caso de você ter alguns problemas de atualização com o Virtualbox, a solução mais fácil que encontrei é baixar a versão mais recente do site original. Você pode encontrar a versão mais recente do Virtualbox para Ubuntu em: https://www.virtualbox.org/wiki/Linux_Downloads
Deve mostrar as versões do Ubuntu como na imagem a seguir:
Você também pode encontrar o pacote de extensão mais recente em: https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads
Depois de baixar a versão mais recente do Virtualbox, basta clicar duas vezes nela e o Ubuntu Software Center cuidará de tudo o mais. Devo mencionar que você só pode instalar o Extension Pack na mesma versão do Virtualbox. Portanto, se você tiver o Virtualbox 4.2.10, poderá instalar apenas o 4.2.10 do Extension Pack.
Depois disso, o Virtualbox deve notificá-lo quando houver uma nova atualização, fazendo uma atualização do sistema com o Gerenciador de Atualizações ou abrindo o Virtualbox quando houver uma atualização disponível.