(Essa pode não ser uma pergunta específica do Ubuntu?)
Quando instalei a 9.10, optei por criptografar minha pasta pessoal usando o ecryptfs, mas descobri que isso me impedia de sair da partição ext3 quando tentei acessá-la no Windows na minha máquina de inicialização dupla (usando algum driver ext2 / 3 gratuito que Cheguei a algum lugar, nem tenho certeza de qual).
Existe uma maneira de montar uma pasta inicial criptografada no Windows?