Você também pode usar o PuTTY no Ubuntu
sudo apt-get install putty
O equivalente a Putty no Linux, no entanto, é usar ssh na linha de comando
ssh -i ~/.ssh/key user@server
Você precisará converter sua putty key (usando PuTTYgen) em uma chave openssh ou criar uma nova chave.
Para converter a chave, primeiro importe-a e exporte-a como uma chave openssh.

Veja: https://help.ubuntu.com/community/SSH/OpenSSH/ConnectingTo
Você pode usar qualquer número de programas para se conectar semelhante ao WinSCP, o nautilus fará isso
Login SSH baseado em chave com o "Connect to Server" do Nautilus
Você também pode usar o gftp
