Procurei esta pergunta e ainda não obtive uma resposta razoável. Se eu sincronizar uma pasta, ela sincronizará um link simbólico? Ele processará todo o caminho através do link para todos os arquivos nesse link simbólico?

Do FAQ do Ubuntu One :

O Ubuntu One suporta links simbólicos ou links físicos?

Não, o Ubuntu One atualmente não suporta links simbólicos ou links físicos. Se você estiver executando o Ubuntu 10.04 LTS ou superior, poderá sincronizar pastas no diretório inicial clicando com o botão direito do mouse nelas e selecionando "Sincronizar no Ubuntu One".

Solução alternativa: você pode criar o link físico em uma pasta diferente; depois mova esse link rígido recém-criado para a pasta Ubuntu One. Eu tentei isso em um terminal e funcionou, então acho que você também pode escrever um script e usá-lo como um script nautilus.