O ntpdate está obsoleto em setembro de 2012; aparentemente, o ntpd agora tem a capacidade de fazer atualizações únicas, se necessário, e o ntpdate é baseado no código ntpd "negligenciado por muito tempo". (Novidades para mim, já que meu sistema tem ntpdate, mas não ntpd! Vou corrigir isso no momento; obrigado por fazer esta pergunta.)
Quanto à diferença entre atualizações contínuas e periódicas, acho que as vantagens e desvantagens são o que você esperaria; ajustes contínuos mantêm melhor precisão ao longo do tempo, o que pode ser importante para bancos de dados e MailDir (consulte o mesmo link). Mas é claro que isso exigiria um pouco mais de tráfego de rede (presumivelmente desprezível para a troca de carimbos de data / hora simples), bem como uma conexão de rede sempre on-line, um leve consumo de RAM e CPU, etc. Mas todas essas desvantagens são pequenas em um ambiente de computação moderno; No geral, duvido que haja boas razões para substituir o cron por ntpd.