Respostas:
No momento, não há uma maneira fácil de fazer isso.
Atualmente, existe um relatório de bug aberto sobre esse problema: https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=599453
Enquanto isso, eu recomendaria mudar para xchat ou irssi, que são ótimos programas de bate-papo (xchat é GUI e irssi é CLI) e são muito menos problemáticos do que empatia. (a menos que você queira testar / depurar / estender a empatia)
Eu poderia sugerir que você possa limpar a conversa. Não impede que essas mensagens sejam excluídas, mas pode excluí-las manualmente.