Respostas:
Eu tenho o mesmo problema. Aparentemente, é um problema com o nível de "dica" da fonte, que o IntelliJ força a "cheio", independentemente do que o sistema operacional seleciona. Isso faz com que as fontes pareçam irregulares e finas, e não como deveria. Havia uma solução alternativa que vi em um site, mas não funcionou para mim.
Geralmente, todos os softwares Java apresentam baixa renderização de fontes no Linux. Você verá isso também no Windows, as fontes parecem diferentes. Não é um problema do IntelliJ IDEA, mas do Java.
Olá, eu escrevi um pequeno manual de como corrigir isso
sudo add-apt-repository ppa:no1wantdthisname/openjdk-fontfix
sudo apt-get update
sudo apt-get install openjdk-7-jdk
Script para iniciar o Intellij Idea
observe que é necessário alterar a localização de IDEA_HOME para o seu caminho de ideia
#!/bin/sh
IDEA_HOME=/opt/idea
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-amd64
export _JAVA_OPTIONS="-Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd \
-Dsun.java2d.xrender=true"
export GNOME_DESKTOP_SESSION_ID=this-is-deprecated
exec $IDEA_HOME/bin/idea.sh "$@"
mais informações e capturas de tela de fontes melhores: http://urshulyak.com/?p=478