Eu não acho que você pode fazer isso. O que você está perguntando é inconsistente com a maneira como os espaços de trabalho e as telas são projetados no Ubuntu.
Vou tentar explicar o porquê. O espaço de trabalho atual é, como o próprio nome diz, o espaço em que você está atualmente. Agora, quando você conectar outro monitor à máquina, o espaço de trabalho atual (e todos os outros) será expandido no novo monitor. Quando você altera o espaço de trabalho na primeira exibição, sua expansão também será alterada na segunda exibição e vice-versa. Portanto, a exibição é algo como um 'filho' da área de trabalho. Na próxima imagem, você pode ver como fica:
O que você pretende fazer é algo como:
Como você pode ver, isso não parece bom.
Claro, desde que você tem não selecionados exibe Espelho em sistema Settyngs > Hardware > Displays (como na imagem seguinte), você pode ver alguns programas em um monitor e outros programas em outra tela. Além disso, você pode arrastar e soltar janelas de um monitor para outro.
Você também pode assistir a este vídeo para entender melhor: http://www.youtube.com/watch?v=Vl9P9a2L7Q4 .