Eu não uso empatia, mas tente isso. Instale o plugin Skype for Pidgin no Ubuntu Software Center. Abra o Skype, faça login e adicione sua conta do Skype a protocol named ‘bigbrownchunx-skype-dbus’
Contas Empathy ou Pidgin -> Skype DBUS. Você precisará permitir o acesso do Empathy / Pidgin ao Skype. Fonte: J.Sneddon
Este plugin de protocolo permite que a libpurple se comunique com o Skype. Os aplicativos que usam libpurple (Pidgin, Finch, Empathy / Telepathy etc.) podem, assim, mostrar seus contatos do Skype junto com os de outros protocolos, e você pode se comunicar com eles usando esse aplicativo em vez da interface do usuário do Skype.
Este plug-in se comunica com o aplicativo Skype em segundo plano para executar seu trabalho, portanto, é necessário ter o Skype instalado e funcionando. Este produto usa a API do Skype, mas não é endossado, certificado ou aprovado de nenhuma forma pelo Skype. Fonte: USC
OU
O Skype-Wrapper é um pequeno 'plugin' de terceiros que integra muitos dos recursos do Skype diretamente na área de trabalho do Ubuntu. Isso inclui suporte ao Menu de Mensagens do Ubuntu, sistema de notificação e iniciador do Unity. Fonte: J.Sneddon
Para instalar, basta pressionar Ctrl+ Alt+ Tno teclado para abrir o Terminal. Quando abrir, execute o (s) comando (s) abaixo:
sudo add-apt-repository ppa:skype-wrapper/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install skype-wrapper python-skype