Respostas:
Na apt-get
página do manual:
clean : clean limpa o repositório local de arquivos de pacotes recuperados. Ele remove tudo, menos o arquivo de bloqueio de / var / cache / apt / archives / e / var / cache / apt / archives / parcial /. Quando o APT é usado como um método dselect (1), clean é executado automaticamente. Aqueles que não usam o dselect provavelmente irão executar o apt-get clean de tempos em tempos para liberar espaço em disco.
autoclean : como clean, o autoclean limpa o repositório local dos arquivos de pacotes recuperados. A diferença é que ele remove apenas os arquivos do pacote que não podem mais ser baixados e são amplamente inúteis. Isso permite que um cache seja mantido por um longo período sem que ele fique fora de controle. A opção de configuração APT :: Clean-Installed impedirá que os pacotes instalados sejam apagados se estiver desativado.
autoremove : é usado para remover pacotes que foram instalados automaticamente para satisfazer dependências de alguns pacotes e que não são mais necessários.
Todo comando tem uma página de manual, se você quiser saber quais são seus parâmetros ou o que cada um deles faz, basta digitar o shell man <command>
Ex.man apt-get
autoclean: remove todos os arquivos armazenados no cache para pacotes que não podem mais ser baixados (portanto, pacotes que não estão mais no repositório ou que possuem uma versão mais recente no repositório).
limpo: remove todos os arquivos armazenados no cache.
autoremove: uma coisa totalmente diferente, essa opção faz o apt procurar pacotes instalados como dependência de um pacote já desinstalado e os remove. Isso é usado para limpar dependências não utilizadas que permanecem no seu sistema.
Resposta encontrada: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=394952