EDIT :
Opção 1 (gerenciador composto de compiz)
Tanto quanto li sobre o aplicativo ink over apps ... você pode tentar com o plug-in "Annotate" no compiz.
1) Instale os pacotes compizconfig-settings-manager , compiz-plugins e compiz-plugins-extra executando o código abaixo.
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager compiz-plugins compiz-plugins-extra
2) Abra o aplicativo compizconfig-settings-manager.
3) Vá para a categoria "Extras" e ative o plug-in "Anotar" .
4) Clique no plug-in para visualizar e definir a configuração.
5) configure o plugin de acordo com suas necessidades. Aqui você tem um exemplo.
Você pode iniciar qualquer aplicativo, desenhar nele e usar os atalhos para o aplicativo de captura de tela do gnomo como Alt+ Printpara tirar a captura de tela das janelas que você desenhou.
Opção 2 (com qualquer gerenciador composto, por exemplo: xfce, compiz, xcompmgr etc)
Outro software para desenhar sobre a área de trabalho é o Ardesia .
O Ardesia é o software de bloco de desenho digital gratuito que ajuda você a fazer anotações coloridas à mão livre com tinta digital em qualquer lugar, gravá-las e compartilhá-las na rede. É fácil de usar, impressionantemente rápido e reativo. Você pode desenhar na área de trabalho ou importar uma imagem, anotá-la e redistribuir seu trabalho para o mundo. Vamos criar um esboço e arte rápida.
1) Para instalar o Ardesia, abra um terminal e digite:
sudo apt-get install ardesia
2) Para abrir o aplicativo, por exemplo: Xubuntu.
Vá para Menu> Acessórios> Ardesia Desktop Sketchpad
3) Você pode desenhar sobre um aplicativo ou sua área de trabalho e tirar capturas de tela com a barra de ferramentas Ardesia.
Opção 2.5
Se você tiver um computador lento, tente a opção 2 usando lxde e xcompmgr (um gerenciador composto leve)
Para executar lxde e xcompmgr,
1) Instale os dois programas
sudo apt-get install lxde xcompmgr
2) siga as instruções em Como iniciar aplicativos como xcompmgr na inicialização? obter o xcompmgr para iniciar no lxde
Esta opção funciona muito bem, mesmo em computadores lentos.
Opção 3 (sem gerente composto)
Outro aplicativo para desenhar, mas sem um gerente composto, é o Pylote .
O Pylote é um software que permite desenhar na tela do computador, como lidar com vários instrumentos de geometria. É um software multiplataforma, gratuito (licença GNU GPL), fabricado em Python (linguagem de programação de computadores) e PyQt4 (ou PySide) para a interface gráfica.
Para executar o Pylote, você precisa primeiro do python (maior ou igual a 2.6) instalado por padrão no Ubuntu e python-qt4.
1) Abra uma janela do Terminal e digite:
sudo apt-get install python-qt4
2) Faça o download do arquivo pylote.tar.gz . (Instalação do Pylote no GNU / Linux)
3) descompacte o arquivo tar.gz
tar xvzf /path/to/pylote.tar.gz
4) Digite na pasta pylote e verifique se o arquivo pylote.pyw possui permissões de execução.
5) Execute o aplicativo pylote com um clique duplo no arquivo pylote.pyw
6) Tire uma captura de tela depois de desenhar sobre um aplicativo ou sua área de trabalho. por exemplo: scrot
sudo apt-get install scrot
Então você pode pressionar Alt+ F2e digitar
scrot -s /path/to/your/screenshot.jpg
com a opção -s, você pode selecionar a área para tirar a captura de tela e salvar em .jpg.
Espero que isso seja útil.