Respostas:
Diferenças técnicas.
O Unity-2D é para uso em computadores que não suportam gráficos acelerados em 3D, como alguns netbooks de baixo custo. O Unity-2D parece quase exatamente o mesmo que o seu homólogo em 3D, embora sem um pouco do colírio para os olhos.
Quanto às atualizações, ambas devem ser atualizadas ao mesmo tempo - embora eu espere que o Unity-3D tenha um pouco mais de esforço, apenas pelo fato de ser a versão "mainstream" do Unity.
O unity 2D foi iniciado a partir do net books e era novo. Usei-o no meu netbooks. o unity 3D será o padrão.