Atualmente não há como fazê-lo. Atualmente, apenas os aplicativos Gtk nativos suportam as barras de rolagem de sobreposição; um suporte adicional acabará por vir mais tarde.
De acordo com esse link, o Gwibber é suportado. Mas o Gwibber sobrepõe as barras de rolagem apenas no seletor de contas (borda esquerda) e não em twitts.
gnome-terminal
não é um aplicativo GTK nativo?