Isso funciona no Gnome 3.8.4 e deve funcionar em versões posteriores.
Defina todas as extensões em que você deseja estar. Então corra:
gsettings get org.gnome.shell enabled-extensions
Isso deve aparecer com algo como
$ gsettings get org.gnome.shell enabled-extensions
['user-theme@gnome-shell-extensions.gcampax.github.com', 'status-area-horizontal-spacing@mathematical.coffee.gmail.com', 'CoverflowAltTab@palatis.blogspot.com']
Copie a saída e execute gnome-session-properties
Pressione adicionar e, em seguida, digite a saída de gsettings get org.gnome.shell enabled-extensions "['use... ...blogspot.com']"- No entanto, como foi indicado gentilmente, mude getpara setao entrar na caixa de comando, como na figura abaixo. Coloque as aspas duplas, caso contrário, isso não funcionará (se não tiver certeza, teste o comando no terminal primeiro - se não houver retorno, funcionou).
EDIT: Para versões mais recentes sem gnome-session-properties, você provavelmente precisará criar manualmente um arquivo .desktop~/.config/autostart - algumas ferramentas da GUI podem estar disponíveis via Gnome Tweak Tool ou similar.
Por exemplo:

Em seguida, verifique se está ativado:

Agora, toda vez que você fizer login, ele deverá executar um comando para restaurar todas as extensões!
Nota: se você fizer alterações nas extensões ativadas, isso precisará ser atualizado.
Para automatizar esse processo, esse script parece funcionar:
#!/bin/bash
active_extensions=$(gsettings get org.gnome.shell enabled-extensions)
autostart_file=$HOME/.config/autostart/restore-extensions.desktop
echo -e "Currently active extensions:\n\e[34m$active_extensions\e[0m"
echo -e "[Desktop Entry]\nType=Application" > $autostart_file
echo Exec=gsettings set org.gnome.shell enabled-extensions \"$active_extensions\" >> $autostart_file
echo -e "Hidden=false\nNoDisplay=false\nX-GNOME-Autostart-enabled=true\nName=Restore Extensions\nComment=Restore enabled extensions on login" >> $autostart_file
echo "Command to restore currently active extensions added to $HOME/.config/autostart/restore-extensions.desktop"
exit
Salve o script em ~/.local/bin/extension-update, torne-o executável (defina-o na janela Propriedades do arquivo ou execute chmod +x ~/.local/bin/extension-update) .
Então, toda vez que você executar extension-update, ele atualizará um arquivo de inicialização automática em ~/.config/autostart/restore-extensions.desktop (provavelmente será uma entrada de inicialização automática diferente se você tiver criado um manualmente como acima, portanto, se você criou um manualmente, poderá excluir isso) - você pode fazer check-in gnome-session-propertiespara certificar-se de que.