Esse costumava ser o comportamento padrão, que, independentemente das configurações de energia do gnomo, o laptop não seria suspenso ao fechar com um monitor externo presente.
O fato de que este não é mais o caso parece ser um bug. Não consigo encontrar um relatório de bug existente, então sugiro que você relate um bug no launchpoad.
A única solução para o momento parece ser alterar as configurações de energia do gnomo para "não fazer nada" ao fechar a tampa e usar os menus para suspender quando você realmente deseja suspender.