Bem, isso é um problema interessante.
Isso é bastante simples no KDE, você acabou de configurar uma atribuição especial de janela (clique com o botão direito do mouse na barra de título) para tornar o terminal em tela cheia, abaixo de todas as outras janelas, desenhado sem decoração de janela e para pular a barra de tarefas. Funciona lindamente.
No Compiz, você pode obter um efeito semelhante com o CCSM com seu plug-in Regras de Janela. O problema que você tem é a diferenciação entre um terminal que você pode carregar posteriormente e aquele que você carrega na inicialização. Pode fazer sentido instalar outro aplicativo de terminal (o Terminator é uma ótima opção) e apenas usá-lo na área de trabalho. Em seguida, você pode dizer ao CCSM para alterar as configurações da janela em todas as instâncias do Terminator.
Nos dois casos, você pode deixar a área de trabalho como está. Estará lá, mas será obscurecido pelo terminal.
Outra maneira de fazer isso (usando as mesmas idéias acima, mas em várias plataformas) é usar wmctrlpara definir as dicas em vez de deixá-las para o Gerenciador de Janelas.
Os três comandos a seguir definirão a janela atual para cobrir a área de trabalho.
wmctrl -r :ACTIVE: -b add,fullscreen
wmctrl -r :ACTIVE: -b add,below
wmctrl -r :ACTIVE: -b add,skip_taskbar
Você pode salvar isso em um script ou juntar tudo em um lindo e desarrumado one-liner. Irritantemente, o wmctrl pode fazer apenas duas alterações de dica de cada vez, por isso é um pouco mais inchado do que se poderia gostar.
gnome-terminal -x sh -c "wmctrl -r :ACTIVE: -b add,fullscreen,below;wmctrl -r :ACTIVE: -b add,skip_taskbar;bash"
Outros emuladores de terminal funcionarão assim, mas eles podem ter um argumento diferente para executar algo (versus -xisso gnome-terminale terminatoruso). konsoleusa -e, por exemplo.