O problema é que o flashplayer identifica sua tela inteira como os dois monitores e, em seguida, reduz a escala para apenas um monitor, para que o vídeo pareça mais longo, porém menor.
Isso me deixou louco por meses até encontrar essa solução alternativa encontrada aqui:
http://al.robotfuzz.com/content/workaround-fullscreen-flash-linux-multiheaded-desktops
É basicamente um pequeno script do que "mentiras" para o navegador, modificando as variáveis ambientais para fazer o firefox pensar que sua resolução de tela cheia é 1024x768 e não 2048x768 no meu caso (você pode configurar outras resoluções) e usar apenas um dos dois monitores. Você precisa instalar o nspluginwrapper primeiro (está nos repositórios).
Dentro do arquivo .tar.gz, você encontrará o script e as instruções para configurá-lo. Além disso, em vez de chamar o firefox com os parâmetros todas as vezes, você pode criar um pequeno script como esse que eu uso e salvá-lo no diretório de scripts pessoais (por exemplo, $ HOME / .scripts / firefox
#!/bin/bash
LD_PRELOAD=/usr/lib/nspluginwrapper/i386/linux/libfullscreenhack.so /usr/bin/firefox "$@"
Se você quiser usar o mesmo com outro navegador, como chrome ou chromium, precisará fazer um script semelhante para eles.
Boa sorte.