Você deve usar aspas simples '
ou duplas em "
torno do URL neste caso (e em geral):
wget 'http://www.flareget.com/files/flareget/debs/amd64/flareget_2.3-24_amd64(stable)_deb.tar.gz'
A partir de agora, você deve usar esse método em geral quando usar uma sequência que contenha parênteses como argumento em um comando. Isso ocorre porque os parênteses são usados para agrupar pelo shell, de forma que eles não sejam comunicados de forma alguma a um comando. Portanto, o shell bash fornecerá um erro de sintaxe:
$ echo some (parentheses)
bash: syntax error near unexpected token `('
$ echo 'some (parentheses)'
some (parentheses)
mypass="'HWNevtQW9o2s)f'"
unzip -P $mypass myfile