Respostas:
Deve ser o suficiente para remover a pasta de vinhos local ~/.local/share/applications/wine.
Cuidado - erros ao usar o sudo para excluir coisas podem ser desastrosos!
rm ~/.local/share/applications/wine*.desktop
sudo rm /usr/share/applications/wine*.desktop
Pode ser necessário fazer logoff e logon novamente para ver as alterações, dependendo da área de trabalho que você está usando (kde, gnome, ...)
Você pode usar alacartepara ativar / desativar aplicativos usando a GUI.

Além disso, você pode remover diretamente os arquivos .desktop do wine /home/user/.local/share/applications.
rm ~/.local/share/applications/wine-*.