Conseguir que o programa apareça na pesquisa parece difícil, na melhor das hipóteses, o que, com certeza, ficará melhor à medida que o Gnome3 amadurecer e progredir. (O estado do Gnome3 no momento certamente não será o mesmo em um mês.)
Para adicionar um aplicativo como favorito (para que ele apareça no iniciador à esquerda da tela "Atividades"), basta pressionar Alt + F2 e executar o aplicativo ou script desejado. Enquanto estiver em execução, entre na tela "Atividades" e arraste o aplicativo em execução para os favoritos. Eu usei isso apenas para programas que usam uma GUI, mas fique à vontade para brincar com ela.
Espero que ajude.
Vou acrescentar: não estou apaixonado pelo Gnome3 como está atualmente, mas está um passo à frente do Unity, e estou animado para ver para onde ele vai no futuro. Uma grande coisa sobre o software aberto, ele se move rapidamente. Devemos ver uma rápida progressão na alteração e adição de recursos. Esses são momentos críticos na evolução da metáfora da área de trabalho.