Respostas:
Estou assumindo que você está executando a Interface da Unidade - se você estiver usando a interface clássica do Gnome, o seguinte não se aplica a você.
No Unity, todos os applets anteriores do Painel Gnome não funcionarão, exceto se forem Indicadores de Aplicação. O Unity não permite que você "clique com o botão direito" e adicione mais ao Painel.
Se você iniciar o Tom-Boy a partir do Dash (clique no ícone "círculo de amigos" no canto superior esquerdo e pesquise no Tom), esperamos ver o novo Indicador de aplicativo do Tom-Boy exibido na parte superior esquerda da tela.
Adicione Tom-Boy aos "Aplicativos de inicialização" para que o Indicador de aplicativo seja iniciado no próximo login.
Apenas rodar o Tomboy deve carregá-lo na área do indicador (não é um applet antigo, para que não apareça mais no menu de clique direito):
O Tomboy não é mais um miniaplicativo de painel (você não o encontrará em "Adicionar ao painel"), mas fornecerá um miniaplicativo na área Indicador após o lançamento (ALT + F2 "tomboy").
Portanto, se você precisar que o novo miniaplicativo tomboy seja carregado automaticamente na área Indicador, precisará ir para "Sistema / Preferências / Aplicativos de Inicialização" e depois "Adicionar", Nome: "Tomboy", Comando: "tomboy" .
Isso se aplica ao Gnome Desktop AND Unity.
Essa solução completa já foi fornecida na resposta anterior, mas foi espalhada em várias respostas e comentários.