Para responder à sua primeira pergunta, o disco rígido estará simplesmente mais ativo devido à atividade de E / S de disco muito mais frequente do Windows. Não tenho muita certeza de qual é a causa raiz do aumento da atividade do disco, mas considere que os requisitos de memória do Windows 7 são muito maiores que os do Ubuntu. Portanto, o Windows usará o arquivo de troca com mais frequência e isso resultará em aumento da atividade do disco.
Uma segunda causa pode ser as inúmeras 'verificações' que o Windows executa. Isso inclui o indexador de arquivos (a menos que você o tenha desativado), verificações de spyware / vírus, etc. Às vezes, elas são executadas sem aviso prévio e podem realmente causar algum estresse no disco.
O terceiro motivo pode ser simplesmente o próprio sistema de arquivos - o Windows usa o sistema de arquivos NTFS por padrão e o Ubuntu usa o Ext4 por padrão. Minha própria experiência demonstrou que o Ext4 é muito mais rápido em operações de arquivos em massa que o NTFS. (Nada oficial, mas certamente reproduzível.)