Respostas:
Para um aplicativo usar o menu global, a variável de ambiente $ UBUNTU_MENUPROXY precisa ser configurada como o nome da biblioteca menuproxy a ser usada. Por razões de segurança, essa variável é limpa ao usar o sudo etc. para executar um programa como root.
Como efeito colateral, isso indica quais programas são executados como raiz; caso contrário, nem sempre é claro que os itens no menu global pertencem a um programa que é executado como raiz.
Como esse é um bom motivo para o comportamento atual, não espero que ele seja alterado.