embora com mais de 2 anos eu encontrei o uso de bipes ainda é um problema no meu sistema baseado no ubuntu 12.04.
depois de verificar se o nível do misturador de bipes é> 0 através alsamixerda solução para uma pergunta semelhante nesta resposta do askubuntu funcionou bem para mim; tudo se resume a desmarcar o pcspkrmódulo na lista negra /etc/modprobe.d/blacklist.conf. Ou você pode apenas fazer sudo modprobe pcspkrpor uma solução temporária.
conforme descrito na resposta aceita, uma notificação audível mais agradável pode ser alcançada através da reprodução de alguns sons de notificação presentes por padrão na maioria dos sistemas, como (para sistemas baseados em gnome), por exemplo paplay /usr/share/sounds/gnome/default/alerts/glass.ogg
observe que paplay(usando o áudio de pulso) hoje em dia pode ser o caminho a percorrer, em vez do baseado em alsa (mas ainda funcionando) aplay.
b.