Esta resposta tem capturas de tela para Gnome-Shell (Ubuntu Gnome 13.10). Suponho que será semelhante para o Unity padrão, mas se não, por favor, grite.
Primeiro de tudo (e esse é o problema mais comum), para que o AltGr funcione, é necessário um layout de teclado que o utilize . Por exemplo, este é o layout do meu teclado (Configurações -> Região e Idioma):

- O inglês (EUA, internacional com chaves mortas) possui AltGr.
- Inglês (EUA) não possui AltGr.
- Inglês (chaves inoperantes internacionais do AltGr) possui AltGr.
(Meu layout preferido é o terceiro, na verdade).
Se o layout não mapear AltGr + Key para nada, como, por exemplo, o padrão "Inglês (EUA)", o AltGr não funcionará mesmo se estiver ativado no painel Teclado -> Atalhos.
Isso normalmente é suficiente. Para alterar a posição do AltGr, vá para Configurações -> Teclado e defina a "Chave de caracteres alternativos":

Por exemplo, meu teclado não possui uma tecla AltGr física, então mapeei-a para a tecla Alt direita.
Agora, com o terceiro layout, pressionar AltGre n juntos dá ñ.
Compor (a opção anterior) é uma fera muito diferente. Se você ativá-lo, terá um conjunto de caracteres disponíveis com três (ou mais) pressionamentos de tecla. Por exemplo, pressionando Compose, o, e dá OE. São três pressionamentos de tecla seqüenciais, não juntos.
Leve em consideração que há um bug relacionado à mudança de layout na 13.10 que está sendo trabalhado; portanto, verifique se há problemas ao alterar o layout.