Como o GIMP 2.8 pode ter dois ícones diferentes juntos?

No traço do Unity, o GIMP 2.8.10 tem um ícone e usa outro no iniciador.

GIMP no Dash

GIMP no iniciador

Eu procurei o GIMP em "Sistema de Arquivos" e consegui isso.

Como isso pode ser feito ao empacotar outros aplicativos?

Dê uma olhada dentro do /usr/share/applications/gimp.desktoparquivo. Você verá que o valor do Imagecampo está definido como gimp. Portanto, não há um caminho absoluto para o ícone do GIMP. Isso significa que o sistema procurará o ícone provavelmente dentro /usr/share/icons. Mas existem mais ícones para o GIMP, e o ícone certo será escolhido dependendo do tema e da resolução em que isso deve ser exibido :

locate gimp.png
/usr/share/app-install/icons/gimp.png
/usr/share/icons/HighContrast/16x16/apps/gimp.png
/usr/share/icons/HighContrast/22x22/apps/gimp.png
/usr/share/icons/HighContrast/24x24/apps/gimp.png
/usr/share/icons/HighContrast/256x256/apps/gimp.png
/usr/share/icons/HighContrast/32x32/apps/gimp.png
/usr/share/icons/HighContrast/48x48/apps/gimp.png
/usr/share/icons/hicolor/16x16/apps/gimp.png
/usr/share/icons/hicolor/22x22/apps/gimp.png
/usr/share/icons/hicolor/24x24/apps/gimp.png
/usr/share/icons/hicolor/256x256/apps/gimp.png
/usr/share/icons/hicolor/32x32/apps/gimp.png
/usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/gimp.png

Por fim, o /usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/gimp.pngarquivo Launcher é escolhido (provavelmente - dependendo das configurações) e o arquivo Dash é escolhido /usr/share/icons/hicolor/256x256/apps/gimp.png. Se você abrir esses arquivos, verá que eles se parecem exatamente com as suas imagens.