Absolutamente deve funcionar. Eu fazia isso também para fins de jogos, embora agora com a revolução do Steam-Linux não inicie o Windows há meses.
Eu tive minhas partições de SO totalmente separadas, como você pretende, e não tive nenhum problema. Não havia partições compartilhadas. Minha partição de swap é de 36 GB, um pouco mais que o dobro da minha RAM (16 GB).
O único problema é que o hibernate às vezes é um pouco instável no Linux. Provavelmente 20% das vezes, ele travava ao hibernar ou retomar. (Isso foi há um ano, então as coisas podem ter mudado ou ser diferente no seu sistema. Depois que comprei um SDD e o tempo de inicialização foi bastante reduzido, apenas reiniciei em vez de hibernar.)
Eu até tenho um script que pode ser útil. Pode ser necessário alterar o nome e o local da partição do Windows.
#!/usr/bin/env bash
# hibernate and restart in Windows for only the next time.
# requires /etc/default/grub has "GRUB_DEFAULT=saved"
# get the correct name from /boot/grub/grub.cfg
sudo grub-reboot "Windows 7 (loader) (on /dev/sdb2)"
# or use the number, i.e.
# WINDOWS_ENTRY=`grep menuentry /boot/grub/grub.cfg | grep --line-number Windows`
# MENU_NUMBER=$(( `echo $WINDOWS_ENTRY | sed -e "s/:.*//"` - 1 ))
# sudo grub-reboot $MENU_NUMBER
sudo dbus-send --system --print-reply --dest=org.freedesktop.UPower /org/freedesktop/UPower org.freedesktop.UPower.Hibernate
# if this fails, you can try ---> sudo pm-hibernate