O Kile pode ser meu editor LaTeX favorito, embora tenha a desvantagem de depender de cerca de 40% da área de trabalho do KDE. (Isso não é realmente um grande problema, mas se integra melhor ao Kubuntu do que ao Ubuntu.) Outra desvantagem é que você precisa instalar o TeXLive separadamente por algum motivo. Uma vantagem é que o Kile se integra ao JabRef, o que facilita o gerenciamento do BibTex.
Minha próxima escolha é o TexMaker. Uma das coisas boas do TexMaker é que ele possui todos os principais componentes do LaTeX como dependências. Portanto, a instalação do TexMaker também instala tudo o que você provavelmente precisará para compilar seus documentos. (A única coisa que encontrei faltando em mais de 3 anos foi uma fonte necessária para usar uma classe de documento Elsevier para um manuscrito que eu estava enviando - isso estava em um pacote adicional.) No entanto, nenhuma integração com o JabRef.
Se você está acostumado a instalar o LaTeX + WinEdt no Windows (ou o TeXShop em um Mac), a instalação com o TeXMaker é uma surpresa agradável: procure-o no Centro de Software, clique em instalar, clique em ir, tome um café e estará pronto ir quando você voltar. (ou sudo apt-get install texmaker, se você não se importa com a linha de comando.)
O Kile e o TexMaker lidam bem com projetos maiores com muitos arquivos de entrada; O Kile possui um belo Quick Build, que executa automaticamente (por exemplo) PDFLaTeX + BibTeX + PDFLaTeX (x2) para que todas as referências sejam atualizadas.