Primeiro, você pode saber rapidamente quantos espaços de trabalho possui com os seguintes comandos, abrir um terminal e digitar:
dconf read /org/compiz/profiles/unity/plugins/core/hsize
dconf read /org/compiz/profiles/unity/plugins/core/vsize
Ele deve retornar 2 para ambos se você tiver 4 áreas de trabalho.
Agora, com um monitor externo, você realmente não possui 8 áreas de trabalho, mesmo que esse tipo de imagem possa ser confuso porque as duas telas estão criando uma área de trabalho estendida (se você não estiver espelhando), uma área de trabalho é delimitada aqui pela linha laranja:
Para responder sua pergunta, não há como especificar o número de áreas de trabalho por exibição (o plugin unity armazena apenas valores globais), mas você pode forçar uma determinada janela a permanecer sempre na área de trabalho visível. Costumo fazer isso no meu cliente de e-mail que deixei no monitor do meu laptop. É como ter um único espaço de trabalho. Basta clicar na barra de título do seu aplicativo e selecionar "Sempre no espaço de trabalho visível":