Mudei para o nemo há muito tempo, porque acho que é superior ao nautilus de várias maneiras. Uma coisa pequena me incomoda no entanto:
Sempre que eu quero abrir um documento no gedit (ou evince, mas tenho certeza de que existem outros programas também), não aparece a janela de seleção de arquivo nemo, mas a janela nautilus.
É claro que substituí o nemo pelo nautilus, como sugerido em muitos outros posts:
gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons false
e
xdg-mime default nemo.desktop inode/directory application/x-gnome-saved-search
e também fez
ln -s /usr/bin/nemo /usr/local/bin/nautilus
para substituir completamente o nautilus, mas isso não ajuda. Qual programa / executável é acionado ao pressionar open (Ctrl + o) no gedit / evince?