Isso precisa ser repetido várias vezes: não execute software desatualizado.
O PHP 5.3 atingiu seu fim de vida em 14 de agosto de 2014 , há 1 ano e 8 meses no momento em que escrevemos esta resposta.
O uso de software desatualizado no final da vida útil lhe trará nada além de vulnerabilidades de segurança e dor, a menos que você possa investir um tempo para pesquisar adequadamente todas as vulnerabilidades de segurança existentes contra o PHP desde o último lançamento do PHP 5.3.x e escolher cuidadosamente as correções de segurança de mais PHP recente se libera.
Definitivamente, recomendo corrigir o software que requer o PHP 5.3, seguindo os guias de migração do PHP:
E eu recomendaria mesmo ir diretamente para o PHP 5.6 (ou até mesmo o 7.0), pois ele terá suporte de segurança até 31 de dezembro de 2018 . Os guias de migração estão aqui:
A migração do código para o código PHP mais recente pode parecer um grande investimento, mas no final, você economizará tempo e dinheiro, pois a execução de softwares desatualizados é um sério risco à segurança, principalmente quando a interface é muito ruim com a Internet, mas até mesmo executada. O firewall dentro da rede limitada representa um risco de segurança quando sua rede interna é atacada.
A segunda opção seria usar o Ubuntu 12.04 LTS que possui o PHP 5.3.10-1ubuntu3.22 com patches de segurança preparados pelos mantenedores da Canonical. Você pode pensar que 5.3.10 é menor que 5.3.29, mas o fato é que a versão PHP no Ubuntu 12.04 LTS tem menos vulnerabilidades de segurança (sérias) do que o vanilla upstream PHP 5.3.29, porque os mantenedores do PHP do Ubuntu estão assistindo o vulnerabilidades de segurança e correção do PHP para atenuar as vulnerabilidades graves nos pacotes.