Não sei se você ainda está procurando uma solução, mas este artigo descreve como fazer o que você parecia querer. Eu me deparei com sua pergunta e com o artigo quando estava procurando uma solução. Funcionou para mim no Win7 e espero que funcione também no Ubuntu.
Passos:
Inicie o VLC. Clique em "Ferramentas" na barra de menus superior e clique em "Preferências" para abrir a seção de preferências do VLC.
Clique no botão de opção ao lado de "Todos" no canto inferior esquerdo para exibir a seção "Configurações avançadas" do VLC. Clique na seta ao lado de "Interfaces" na coluna da esquerda e clique em "Configurações das teclas de atalho".
Clique na caixa de texto ao lado do tamanho do salto que você deseja alterar na seção "Tamanhos dos saltos". Digite o período de tempo, em segundos, que você deseja definir como o comprimento de ignorar. Repita o processo para todos os comprimentos de salto que você deseja alterar.
Clique em "Salvar" para aplicar os novos tempos de salto e feche a janela "Preferências".