As notícias são apenas um pouco melhores do que no Windows. Se você executar o executável, ele poderá fazer qualquer coisa que um executável possa, incluindo a obtenção de quaisquer dados que estejam na sua pasta pessoal.
A boa notícia é que a maioria dos vírus do Windows ainda não foi escrita para funcionar bem no Wine. Em alguns casos, você pode excluir a pasta wine e não ser afetado.
A má notícia é que um executável wine é um executável no sentido completo do Linux - não há nada que o impeça de fazer algo que um script shell malicioso possa fazer, incluindo escapar da pasta .wine.
O Wine possui uma página wiki sobre como proteger o Wine aqui: http://wiki.winehq.org/SecuringWine - medidas parciais que você pode tomar incluem coisas como verificar um arquivo com o ClamAV antes de executá-lo.