O Grub lembra onde reinstalar.
Para ver qual unidade o grub2 usa, consulte esta linha - grub-pc / install_devices, verifique o que é agora:
sudo debconf-show grub-pc
para que o grub2 lembre onde reinstalar as atualizações, o grub-pc é para BIOS e o grub-efi é para UEFI, se você desmarcar tudo, o comando acima deve mudar para um espaço em branco ou o grub não será reinstalado.
sudo dpkg-reconfigure grub-pc
sudo dpkg-reconfigure grub-efi-amd64
Entre nas primeiras páginas, barra de espaço para escolher / desmarcar unidade, entre para aceitar, não escolha partições
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=2189643
Você também pode mudar para instalar o grub em uma partição. Sugerimos nunca instalar em uma partição, pois ela não funciona bem, mas se realmente inicializar com outra cópia do grub, isso não é realmente um problema.
Como criar uma tela personalizada do GRUB2 isenta de manutenção. - cavsfan
https://help.ubuntu.com/community/MaintenanceFreeCustomGrub2Screen