O NTFS não suporta a permissão de execução porque foi desenvolvido para Windows, que não possui o mesmo conceito de arquivos "executáveis" que o Linux. Se você estiver tentando executar arquivos .exe do Windows no Wine, ele ainda funcionará se você executar o Wine explicitamente, assim:
wine /path/to/executable.exe
Se você precisa fazer para executar arquivos diretamente, você pode definir as permissões que serão aplicadas a todos os arquivos com a fmaskopção /etc/fstab. Também pode ser necessário adicionar a execopção se esse não for o padrão para NTFS (não tenho uma unidade à mão para verificar agora). O valor para fmaskinforma ao driver quais bits devem ser desativados; portanto, por exemplo, para permitir leitura, gravação e execução para todos os usuários, você deve ter algo como isto:
/dev/hda1 /mnt/windows ntfs-3g defaults,exec,fmask=000 0 0
Se já existe uma fmaskopção, a maneira mais simples de ativar o bit de execução é subtrair 1 de qualquer dígito que seja ímpar.
Se você não souber como o mascaramento de permissão funciona, a idéia básica é que as permissões de leitura, gravação e execução sejam representadas pelos valores 4, 2 e 1, respectivamente. Você pode adicioná-los para combinar permissões, de modo que, por exemplo, leitura e gravação sejam 6. A máscara de permissão é uma combinação de três dígitos que se aplicam ao proprietário, grupo e "outros" (todos os outros).
Lembre-se de que fmask(também umaske dmask) no fstab são as permissões que você deseja desativar .
Como um exemplo um pouco mais interessante, isso definiria as permissões para "rwx" para o proprietário, "rx" para o grupo e "r" para todos os outros:
/dev/hda1 /mnt/windows ntfs-3g defaults,exec,fmask=023 0 0