Respostas:
Se você estiver usando o Nautilus File Manager, poderá criar um arquivo chamado '.hidden' no diretório em que deseja ocultar os arquivos, abra-o com um editor de texto e adicione os nomes dos arquivos que deseja ocultar (com a respectiva extensão de cada arquivo também).
Esse não é um método automático em todo o sistema para ocultar arquivos sem renomeá-lo (nos arquivos e pastas do Linux são ocultados automaticamente se houver "." Na frente do nome do arquivo / pasta). Você precisaria fazer isso manualmente para cada arquivo / pasta que deseja efetuar; e somente possível para os arquivos / pastas do sistema Windows que você realmente deseja manter ocultos e não deseja mexer.
Você não pode. Além disso, o fato de você estar preocupado com isso é alarmante, porque parece que você acha que ocultar um arquivo fornece algum tipo de segurança. Isso não. A exibição de arquivos ocultos é feita facilmente no Ubuntu ou no Windows, e eu nunca os mostro.