De forma simples ou breve, você pode definir pastas padrão com a ajuda do xdg-user-dirs-update
comando.
Execute o seguinte comando no seu caso:
xdg-user-dirs-update --set DESKTOP "$HOME/Desktop"
Então saia e faça login novamente para mostrar / alterar o efeito.
De man xdg-user-dirs-update
:
NOME
xdg-user-dirs-update - Atualiza a configuração do diretório de usuário XDG
SINOPSE
xdg-user-dirs-update [OPTION ...] [--set NAME PATH ...]
DESCRIÇÃO
O xdg-user-dirs-update atualiza o estado atual dos usuários user-dirs.dir. Se nenhum existia antes, um é criado
com base nos valores padrão do sistema ou voltando aos nomes de arquivos antigos não traduzidos, se esses diretórios existirem. o
A lista de diretórios antigos usados são: ~ / Desktop, ~ / Templates e ~ / Public.
~/Desktop
pasta está localizada em outra partição?