Hoje eu tive o mesmo problema, quando mudei as pastas de usuários 'Início' para uma partição diferente. Eu o resolvi, não alterando as permissões no arquivo '.ICEauthority' (na verdade, eu o excluí), mas alterando os proprietários dessas pastas para seus usuários, de forma recursiva:
sudo su
chown -R user /home/user
Para fazer isso, na janela de logon, ALT + CTRL + F1 muda para um console. Depois disso, ALT + CTRL + F7 retorna ao modo GUI. Não há necessidade de reiniciar.
PS: Ter 'home' em uma partição separada, é uma boa maneira de evitar falhas no sistema e atualizar versões. Veja wiki . Usei-o para instalar o Ubuntu 12.10 em um notebook e apenas para separar partições em outro notebook com 12.04LTS.