Respostas:
Se você usar o shell padrão (bash), poderá usar o seguinte:
for file in *.MOV; do ffmpeg2theora "$file"; done
nocaseglobopção bash para corresponder a extensões de arquivo em letras minúsculas e maiúsculas.
find . -iname '*.mov' -exec ffmpeg2theora '{}' \;
Para limitar a profundidade da recursão, você pode adicionar -maxdepth 1antes-exec
for file in *.MOVsolução procurará apenas no diretório atual.
for file in *.[Mm][Oo][Vv]; do ffmpeg2theora "$file"; done