Eu tive um problema semelhante, mas com a versão 2.4.8, encontrei esta solução:
"Então, para encontrar todas as bibliotecas OpenCV
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$> sudo find / -name "*opencv*" -exec rm -i {} \;
O comando acima encontrará qualquer arquivo que contenha opencv no nome e solicitará que você o remova. Como sempre, tenha cuidado ao excluir as coisas manualmente! Isso vai levar um longo tempo. Em seguida, descobri que desde que instalei a partir da compilação do opencv a partir da fonte e usei
make install
para criar o manifesto de instalação, e então eu bastante simples de usar
make uninstall
Sim, de fato, com certeza se limpa. Agora eu tenho um sistema limpo para instalar a versão opencv do lates ".
Funciona para mim.